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第１回目が一番長くて１～２ヶ月程度、２回目以降の申請は早くて最短２週間ほどで支給される
初回の傷病手当金請求書を提出すると、保険組合によって支給の可否について審査が行われます。
また過去12ヵ月の標準報酬月額から支給額が算定されるなどの事務作業が行われます。
そのため第１回目の傷病手当金申請から給付までの期間は１か月から２ヶ月程度かかると想定しておきましょう。
第２回目の申請からは２、３週間くらいで入金されるようです。
加入している健康保険組合によって、申請手続きの流れと支給までの期間に差がある
会社員が加入する健康保険組合にもさまざまな種類があります。そして組合によって傷病手当金申請の流れも異なります。
全国健康保険協会（協会けんぽ）の場合
「協会けんぽ」は、全国健康保険協会という団体が運営しています。
一般的に企業が加入している「社保」とよばれる組合は協会けんぽのことが多いです。
協会けんぽに傷病手当金を申請する場合は、①あらかじめ記入した申請書類に、②医師からの証明を書いてもらった後、③会社（事業主）に証明を記入してもらったあとに、④保険組合へ提出します。
組合健保の場合は企業が直接運営するので早い
「組合健保」と呼ばれるのは、従業員が700人以上の企業が自前で設立・運営している健康保険組合です。
大企業または、そのグループ会社や子会社の従業員が加入しています。
組合健保に傷病手当金を申請する場合、①申請者が記入した申請書類に、②医師からの証明を記入してもらうところまで流れは同じですが
企業が直接運営していることから、③会社（事業主）と④保険組合への提出が一度に（どちらか一方への提出で）すむ場合がおおいです。
提出先が１つ減るために、「組合健保」のほうが傷病手当金の申請から支給までが早い傾向にあります。
参考：管理人の場合、提出先は勤務先が契約している社会保険労務士事務所でした。社労士が申請書を確認し、③と④の手続きがすすんでいたようです。
休職中の傷病手当金支給は、受給までの流れが違うこともある（会社経由で振り込まれる）
休職中であっても厚生年金保険料、健康保険料、住民税などが会社の給与から天引きされています。
もちろん、傷病手当金を請求する状況ということは、会社からの手当は無いはずです。そのため給与明細上は各種控除金を会社が立て替えてくれている状態で、赤字（マイナス）計上されます。
この立替金を精算する方法のひとつとして、組合や勤務先によっては傷病手当金が一旦会社に入金され、そこから各種控除金を控除したうえで受給者へ振り込まれます。
一旦会社へ支払われてるため、申請者への振込みが若干遅くなる場合があります。（企業の人事、給与支払い担当部門の繁忙期など）
もう一つの立替金の精算方法として、会社から社員へ「給与の赤字補てん額」が請求される場合もあります。
傷病手当金が直接、申請した本人へ支払われるので給付は早くなります。一方で毎月、会社へ給与のマイナス分（赤字補てん額、立替え分）を返還する必要があります。
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